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南方人物周刊:专访华大基因80后科研人员

szyantian 2010-6-28 00:12:13 显示全部楼层
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  最近,一篇重要论文登上英国著名科学杂志《自然》的封面,两位年轻的中国学生侧身作者行列,他们一个22岁,一个23岁。





深圳北山脚下,西北工业区,深圳华大基因研究院就坐落在这里。对面,是绿油油的梧桐山。站在综合楼第五层隔窗远眺,稀稀落落的沿街商市和民宅,还带着几分乡土气息;不远处的盐田港,海浪永不停息地拍击着海面。

一年前,两个20出头的本科学生谢寅龙和李俊桦,因一次宣讲会的机缘,来到这里实习,由此踏上了过去未曾想过的基因组探秘之路。

一年后,一篇《人体肠道菌群元基因组参考基因集的构建工作》的论文,登上英国著名科学杂志《自然》的主刊封面,他俩署名其中,位列全球54位作者排名中的第20位和第12位。据统计,目前中国大陆学者在该杂志上发表的论文,一年仅几十篇,更不要说是封面。

谢寅龙、李俊桦是谁?

3 条评论

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szyantian 楼主 2010-6-28 00:12:46 显示全部楼层
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原来是这群人!

在米白色外墙的华大第一办公楼,记者初次见到谢寅龙和李俊桦,两人穿着拖鞋,身上一袭学生行头,见了面腼腆地笑了。

去年,21岁的谢寅龙和比自己大一岁的李俊桦在华南理工大学(以下简称华工)软件工程学院读大三;现在,读大四的同时他俩多了一个身份——华大的科研人员,做着世界领先的基因组科学项目。此外,他们还是华工与华大研究院合作培养的“基因组科学”创新班的第一届学生。与班上其他8人一样,他们与华大的交集缘自一次宣讲会。

2009年2月,深圳华大基因研究院党委书记杨国华带领华大一行人来到华工开讲座。临近学期末,很多同学已回家,来的人不足一百。起先,软件工程背景的李俊桦和谢寅龙对这种生物类讲座并不感冒。

抱着随意听听的初衷,谢寅龙拉几个同学一同前往。

没想到,他被惊住了。

1990年10月,被誉为生命科学“阿波罗登月计划”的国际人类基因组计划启动;1999年9月,中国获准加入人类基因组计划,我国有科学家负责测定全部序列的1%。

谢寅龙从中学生物课本上早早知道了这个项目,“宣讲会直接提到那承担1%主要测序工作的杨焕明、汪建等科学家正好在他们那里,当时脑海的记忆立马全部对上号——原来是这群人!”。

“小时候,学知识就是‘为中华之崛起而读书’,一旦找到机会的话就去做。”这是暗藏心底的大理想,谢寅龙从不轻易说出口。于是,理想就此被点燃了。

szyantian 楼主 2010-6-28 00:13:17 显示全部楼层

颠倒昼夜的日子

五楼的生物信息中心,是谢寅龙和李俊桦从实习生到科研人员的“根据地”。办公室、过道、会议室,密集地安置着桌椅、电脑。

左侧的过道里,一群年轻人正在略显昏暗的光线下飞敲键盘,屏幕上是密密麻麻的基因代码;会议室里,有人在开着小组会议,说着说着,一方开始脸红脖子粗,另一方则静静地听着……

在这略显逼仄的空间里,一群年轻的科学家在与国际领先水平赛跑,其中学生身份的占了10%-20%。与谢寅龙、李俊桦一样,这里有好几百个新老员工每天“跟着数据走”,一个项目下来会有明确的进度与分工,在电脑上跑程序、编程,一系列基因测序与注释分析工作让他们昼夜颠倒。

“上午我们中国人讨论,下午与欧洲人交流,晚上跟美洲人对话。”项目负责人覃俊杰告诉本刊记者,在人体肠道菌群基因组项目的最后攻关期,大家连续一周干好几个通宵。“欧洲人都在等着我们的结果,大家非常有热情。”

当时,项目组霸占了一个小型会议室,白板上写着TO DO LIST(工作清单)。七八个小组成员环坐一起赶进度,谁有灵感或新想法,就起身到对面的小白板上讲解和讨论。

“那时是一种无休无止的感觉。”谢寅龙说,当时工作目录的命名方式是“final、final再final一级一级地下去,无数个final或last文件”。“快了!还有一周,可这种方法验证完,又觉得不够全面或者蹦出新的想法,重新验证。就这么来来回回,反反复复。”

半夜三更,对面科学体系第一负责人李英睿的办公室,时常传来日本动漫的歌声,旋律激烈,洪亮的嗓门往往横扫任何的睡意。

最幸福的时刻,是趁着电脑跑程序的当口,大家晒着月光去吃宵夜。拐角路口的大排档阿姨经常凌晨三四点接到他们要来吃夜宵的电话,有时吃着吃着天就亮了。

尽管做着全球最前沿的生命科学项目,青春的气息仍然抵挡不住。爱看漫画的李俊桦,每周会抽出时间下载最新的《海贼王》,不过他强调只看漫画而不是动画,“漫画才原汁原味呢。”见了同事,李俊桦会突然从口袋掏出一包棒棒糖,大方地给每人发一只。他不喜欢阿尔卑斯棒棒糖,偏爱透明的水果味真知棒。

有时完成不了任务或者程序大到无法在大型机上跑,李俊桦会将任务切割成小块,分摊给每个小组成员,这就是他创造的“有福同享”邮件。还好大家心领神会,每个人按照邮件里的“指示”把任务投放在电脑上运行,“团结就是力量嘛!”如今,经过一年多的历练,李俊桦已经成为科研项目组负责人,负责一项糖尿病项目的研发工作。

最近,谢寅龙转入基因软件开发项目组,“希望弄出点东西来造福人类社会。”此前喜欢玩CS类主流游戏的他早就琢磨着“有一天能玩自己设计的游戏”。

拉开谢寅龙的抽屉,牛奶、水果、汽水、泡面等样样俱全,项目组师兄李少川把他称作“土拨鼠”,因为谢会屯粮。他还买了个饭盒,加班时就飘出泡面的香味。

szyantian 楼主 2010-6-28 00:14:03 显示全部楼层

“科学上只有第一,没有第二”

据说,做人类肠道基因组项目时,有些国外大学的研究所也在做这个事情,而且据说他们的“人类基因组测得已经比较深了”。

“科学上只有第一,没有第二。”谢寅龙举例说,被苹果砸到的牛顿发现了万有引力,接下来再多的被砸到的人说万有引力没有什么价值。

作为此项目组组长,覃俊杰深谙科学界竞争激烈。“如果人体肠道菌群元基因组他们先发现了,这种开创性的意义就没了。”

经过大半年的序列组装和基因注释分析,他们终于成功对人肠道内微生物进行了迄今为止最大的一次“菌口普查”:从124个来自于欧洲人肠道菌群的样本,获得330万个非冗余的人体肠道元基因组的参考基因;并可估计人肠道中存在约1000到1150种细菌,我们每个人体内平均约含有160种优势菌种。

这项研究使科学家们开始关注到人类身体里最重要的“居民”——肠道微生物,与人类的自身健康存有一种微妙关系。被誉为“人类的第二组基因”的肠道菌群的发现,不仅将有助于预防、监控和干预由肠道菌群引发的肥胖、肠炎和糖尿病等疾病,而且使得基于肠道元基因组的个体化医疗时代已不遥远:当一个病人体内的肠道菌种不足以帮助消化或者抵御常见疾病时,或将通过培养和输入一定比例的益生菌群的方式,赶走疾病。这项研究,饱含巨大的经济效益和社会效益。

华大创造了一种新的人才培养模式:以项目带人才,直接邀请国内外前沿科学家为实习生或员工授课。这种绕开传统博士教育、让本科学生直接参与重大科研项目的培养模式,已引起海内外教育界的关注。《自然》就此刊发社论文章《科学家是否需要博士学位?》,认为“华大的模式可能为教育和培训体制带来一场革命”。

要真正成为“华大人”,就必须闯出“铜人阵”,这种少林弟子出山闯关式的“铜人阵”类似于微软公司内部的计算机水平认证,新人先学习1到3个月,然后过“铜人阵”,通过的才算达至华大水准。老员工也要不定期“回炉”,确保能力不断提高。

“华大离世界很近,做的都是前沿科研,这点让我非常兴奋。”来华大后,李俊桦决定放弃出国留学的念头。


 来源: 南方人物周刊   盐田网

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